Avgusta 1945, le nekaj mesecev po koncu druge svetovne vojne, so se »trije Antoni« (Peterlin, Kuhelj in Moljk) odpravili na nenavadno misijo v tujino. Kot učitelji na ljubljanski univerzi so ugotovili, da nimajo ustreznih laboratorijskih naprav za izvajanje eksperimentov, zato so se odločili, da gredo po nakupih v Milano. Predsednik slovenske vlade Boris Kidrič je bil velik podpornik znanosti, zato jim je priskrbel tri milijone lir v gotovini, a v bankovcih po sto lir, zato so imeli s seboj kar za tri kovčke denarja.
Najprej so se odpeljali v Trst, kjer so na kontrolni točki denar pokazali Angležem, ki so se samo čudili, zakaj se po nakupih odpravljajo s tako veliko gotovine. A to je bila, kot kaže, v tistih časih ustaljena praksa, saj je bila takrat v Italiji še ena podobna slovenska delegacija s še več denarja, ki je kupovala telekomunikacijsko opremo za pošto. Zvečer so se iz Trsta z avtobusom odpeljal naprej proti Milanu.
Ponoči jih je pri Vicenzi ustavila policijska kontrola, ki je preiskala avtobus in našla kovčke z denarjem. Sklepali so, da gre za tihotapce, zato so jih odvedli na policijsko postajo. Obtožili so jih, da tovorijo ukraden denar, zelo verjetno od ropa banke, ki naj bi jo celo zažgali, saj so bili nekateri bankovci malo osmojeni.
Šlo je za resne obtožbe v kaotičnih razmerah takoj po vojni, zato dodatni dokumenti in pojasnila niso rešili situacije. Študenti in učitelji ljubljanske univerze so, ko so izvedeli za dogodek, s pozivom od zavezniške vojaške uprave v Italiji zahtevali, da trojico njihovih profesorjev izpusti, trudila se je tudi jugoslovanska diplomacija.
Vendar pozivi in pojasnila niso bili uspešni, saj je angleška uprava policijsko delo prepuščala italijanskim oblastem, ki pa jugoslovanskim državljanom niso bile naklonjene. Šele ko je Kidrič afero predstavil angleškim parlamentarcem, ki so bili ravno na obisku v Sloveniji, so jih končno izpustili iz britanskega vojaškega zapora v Padovi, tako da so se v Ljubljano vrnili 21. decembra.
»Takoj po božiču sem šel Kidriču poročat o aferi,« se je spominjal Peterlin. »Dobil sem dober nauk, da se da fiziko razlagati in aktivno delati s tem, kar imamo.« Italijanski sodni mlini so sicer leta 1947 odločili, da aretirani profesorji za vnos denarja niso imeli ustreznih dokumentov, zato so jih obsodili na kazen 2,5 milijona lir. Preostalega pol milijona lir je Peterlin lahko dvignil šele leta 1953.
Vztrajanje pri visokih akademskih standardih
Anton Peterlin je bil prvi redni profesor fizike na ljubljanski univerzi, ki je hitro po imenovanju vzpostavil zelo kvaliteten študij in izšolal veliko izvrstnih strokovnjakov. Sam je po študiju matematike v Ljubljani iz fizike doktoriral v Berlinu, kjer si je zgradil tudi močne vezi z vodilnimi znanstveniki tistega časa.
Vseskozi je imel zelo visoke akademske standarde, glede katerih mu vest ni dopuščala, da bi kakorkoli popuščal. Ko je nekoč nadomeščal profesorja fizike na dekliškem liceju v Ljubljani, je bil tako razočaran nad znanjem, da so imela vsa dekleta ob polletju fiziko zaključeno negativno. Na pamet naučenega znanja, ki ni temeljilo na razumevanju, nikakor ni mogel oceniti pozitivno. Ravnatelj liceja je hitro spoznal, da je mladi učitelj prezahteven za gimnazijo, zato ga je poslal nazaj na univerzo.
Od doktorata naprej je gojil bogato mednarodno mrežo poznanstev, kar ga je med drugim rešilo tudi medvojne internacije v koncentracijsko taborišče. Junija 1944 so ga domobranci zaprli, ker naj bi imel stike s partizani, a ga je iz zapora rešila žena, ki je na policijo odnesla pisma, ki si jih je izmenjeval z uglednimi nemškimi profesorji. Tako so se Nemci odločili, da ga namesto v taborišče pošljejo v Dresden, kjer naj bi nekdanjemu mentorju pomagal pri raziskavah. Silovitemu zavezniškemu bombardiranju mesta v začetku leta 1945 se mu je uspelo izogniti, saj se po vrnitvi v Ljubljano za božične praznike ni več vrnil v Nemčijo.
Ustanovitev nuklearnega raziskovalnega inštituta
Sočasno z vzpostavitvijo študija fizike je dobil Peterlin po končanju vojne še eno izjemno pomembno nalogo. Z Borisom Kidričem, ki je postal minister za industrijo in razvoj v jugoslovanski vladi, sta se dogovorila, da bo v Ljubljani vzpostavil nuklearni raziskovalni inštitut. Čeprav so Peterlina zanimale predvsem raziskave velemolekul, se je dobro zavedal, da bo država z dovolj sredstvi podprla le inštitut, ki bo raziskoval takrat prestižno področje jedrske energije in radioaktivnosti.
Ker naj bi po sovjetskem zgledu na univerzah predvsem izobraževali, raziskovali pa v okviru inštitutov pri akademijah, je moral po tem zgledu organizirati tudi fizikalni inštitut. Kadrovsko se je oprl predvsem na sposobne mlade sodelavce, ki jih je pošiljal na izpopolnjevanja po svetu, da so v Ljubljano prinašali nova znanja in raziskovalne veščine.
O izvirnosti in pomembnosti Peterlinovih takratnih raziskav priča podatek, da je leta 1953 v znanstveni reviji Nature objavil študijo o fizikalnih lastnostih molekule DNK (Light Scattering by very Stiff Chain Molecules) dva meseca prej, preden sta v isti reviji Watson in Crick razkrila, da ima molekula DNK obliko dvojne vijačnice.
V prvem desetletju obstoja je število zaposlenih na inštitutu naraslo na tristo, zgradili pa so tudi nove prostore na Jamovi cesti v Ljubljani. Čeprav velikega fizika Jožefa Stefana, ki je hkrati edini Slovenec, po katerem se imenuje kak naravni zakon, do tedaj slovenska javnost skorajda ni poznala, je Peterlin predlagal, da bi inštitut poimenovali prav po njem.
Kot direktor se je zavedal, da za kakovostno delo na inštitutu potrebuje izdatno zvezno financiranje, ob tem pa seveda tudi avtonomijo glede strokovnih in kadrovskih odločitev. Ko je aprila 1953 za posledicami levkemije umrl Boris Kidrič, na vrhu jugoslovanske politike ni imel več vplivnega zaveznika, ki bi razumel pomen vrhunske znanosti. Vsi trije jugoslovanski jedrski inštituti so tako prišli pod neposredno upravljanje posebne komisije za nuklearno energijo, ki jo je vodil Aleksander Ranković, takrat eden najvplivnejših politikov. Razmere je dodatno zapletla nesreča v jedrskem reaktorju v Vinči pri Beogradu leta 1958, ki je terjala eno smrtno žrtev in več ranjenih.
Emigracija v tujino
Z rastjo inštituta je prihajalo med raziskovalci do vedno večjih trenj in sporov. Način vodenja, ki je bil učinkovit, dokler je bilo zaposlenih malo, pri več sto zaposlenih ni bil več ustrezen. Ob reorganizaciji so Peterlina najprej z direktorskega mesta premestili na mesto predsednika znanstvenega sveta inštituta, po nekaj letih pa so ga izrinili tudi s te funkcije. Njegovi nasledniki so sprejeli nekatere ukrepe, ki pričajo o popolnem nepoznavanju raziskovalnega dela. Novi direktor je, da bi vzpostavil red, uvedel enotni delovni čas od sedmih do treh, pri čemer je prepovedal prisotnost na inštitutu zunaj tega termina. Ker marsikateri eksperiment traja več kot osem ur, je raziskovalno delo tako vsaj nekaj časa močno trpelo.
Ko je začela oblast Peterlinu s pomočjo prišepetovalcev zmanjševali vpliv, je sprevidel, da inštituta ne bo več mogel voditi po začrtani poti. Odšel je na več daljših gostovanj v tujino, nato pa so mu leta 1960 ponudili profesorsko mesto na Univerzi v Münchnu. Na presenečenje vseh je povabilo sprejel in se z družino preselil v Nemčijo. Za takratno oblast je bila ta novica presenečenje in hkrati velika zadrega, saj je ugleden znanstvenik, ko so poskušali zmanjšati njegov vpliv v domovini, takoj dobil profesuro v tujini.
Vendar v Nemčiji ni ostal dolgo. Američani so mu ponudili vodenje novoustanovljenega inštituta v Severni Karolini, ki se je ukvarjal prav z raziskavami velemolekul, kar je bilo Peterlinovo osrednje raziskovalno področje. V ZDA je bil zelo uspešen vodja in raziskovalec vse do obvezne upokojitve pri starosti 65 let. Leta 1973 se je tako preselil v Washington, kjer je lahko kot svetovalec Nacionalnega urada za standarde nadaljeval z raziskovalnim delom.
V Ljubljano se je vrnil šele tik pred smrtjo leta 1993. Zadnje leto življenja je, sicer že zelo bolan, preživel v domovini, ki jo je po emigraciji močno pogrešal. Vmes se je sicer pogosto vračal na krajše obiske in gojil stike s slovenskimi znanstveniki, a bil hkrati zagrenjen, saj so prav nekateri njegovi kolegi, s katerimi je ustvarjal ljubljanski inštitut in šolo fizike, pripomogli k njegovi odstranitvi in odhodu. Še bolj kot to, da je postal velika mednarodna znanstvena avtoriteta, bi si namreč želel, da bi isto dosegel kot raziskovalec v domovini.
Kot se spominjata njegova otroka, je najbolj užival, ko so med vikendi hodili na izlete po Sloveniji. Šele v gorah se je menda povsem sprostil. Z užitkom jima je razlagal o naravnih pojavih in razvoju znanosti, o čemer je pogosto pisal tudi za širšo javnost.
Z vzpostavitvijo kvalitetnega študija in izgradnjo v mednarodno znanost močno vpetega raziskovalnega inštituta je Anton Peterlin fiziko v Sloveniji po drugi svetovni vojni postavil na svetovni znanstveni zemljevid.
Več podatkov je zbranih v knjigi Anton Peterlin 1908-1993: življenje in delo (SAZU in IJS, 2008).